Un brin insensé

15/05/2024 (2024-05-15)

[Source : mikestone.substack.com]

Exemple d’un virologue qui montre qu’il ne comprend rien à la méthode scientifique et bien sûr ne l’applique pas.

Par Mike Stone — 19 avril 2024

Insensé : inconscient ; idiot, stupide ; insignifiant… faites votre choix. Tous ces qualificatifs peuvent être des descriptions appropriées de ce type.

En mars 2023, j’ai eu l’une des conversations les plus fascinantes et les plus amusantes depuis que j’ai rejoint ce qui était officiellement connu sous le nom de Twitter en décembre 2022. Cette conversation s’est déroulée avec un virologue végétal du nom de Thomas Baldwin, connu sous le pseudonyme Twitter/X de Sense Strand. Je ne savais pas grand-chose de Thomas à l’époque, et j’ignorais définitivement son amour extrême pour les plantes ainsi que sa croisade pour protéger ses céréales.

« Rencontrez Thomas Baldwin, PhD, professeur adjoint de pathologie de l’orge à l’Université d’État du Dakota du Nord (NDSU). Ses recherches portent sur l’identification des mécanismes sous-jacents de la résistance de l’hôte à la fusariose de l’épi et à d’autres maladies de l’orge. Il dirige également la pépinière nord-américaine d’évaluation de l’orge, soutenue par l’Initiative américaine sur la tavelure du blé et de l’orge (USWBSI) ».

« Baldwin a grandi dans la région pittoresque de Catskill, dans l’État de New York, où la rivière Hudson et les forêts environnantes constituent une toile de fond magnifique. Pendant son enfance, il a développé une profonde passion pour la nature et l’environnement. Il a fréquenté le State University of New York College of Environmental Science and Forestry (SUNY-ESF) et a obtenu une licence en biotechnologie végétale.

Désireux de comprendre et de combattre les maladies à Fusarium qui affectent les céréales, Baldwin s’est inscrit à l’université de Géorgie, où il a obtenu son doctorat en étudiant la brûlure des semis à Fusarium dans le maïs et en explorant le rôle que jouent les mycotoxines dans la translocation des métabolites et de l’agent pathogène lui-même pendant l’infection. »

https://scabusa.org/featured-researcher-bio/Thomas-Baldwin

Même si j’étais relativement novice sur Twitter, j’étais déjà conscient, grâce à l’expérience d’autres personnes, de l’existence d’un cloaque de commentateurs qui ne recouraient qu’à des sophismes et à des insultes. Je n’avais pas vraiment envie de m’engager avec ceux qui défendaient la virologie à l’époque. J’étais plus intéressé par l’utilisation de la plateforme des médias sociaux pour sensibiliser à la fraude pseudo-scientifique qui nous asservit depuis plus d’un siècle. J’estimais que le fait de m’engager avec l’opposition (contrôlée) était une distraction inutile.

Cependant, malgré tous mes efforts pour éviter de telles distractions, les personnes dont je voulais me tenir à l’écart ont rapidement trouvé mon profil. Thomas a été l’un des premiers, et il m’a continuellement demandé de rejoindre son espace en envoyant un lien m’invitant à discuter avec lui et ses amis. D’après ce que j’ai compris des espaces, il s’agit d’un flux vidéo sur Twitter permettant des discussions en direct. J’ai compris que le fait d’inviter les gens à participer à une session Spaces est une tactique régulièrement utilisée par Baldwin et d’autres pour tenter de s’en prendre à ceux qui y participent. En utilisant des arguments logiquement fallacieux et des tactiques d’intimidation, ils veulent paraître forts alors qu’ils sont faibles. Je n’étais pas intéressé à participer à une telle affaire et j’ai ignoré ses appels répétés. Si nous devions avoir une discussion, ce serait dans un fil de discussion où les gens pourraient lire les preuves présentées pour eux-mêmes. Mon refus de me joindre à son Espace a porté ses fruits, et je me suis retrouvé peu de temps après dans une discussion de ce type avec Thomas dans les fils de discussion Twitter sur le manque de preuves scientifiques concernant les « virus ».

Je ne relaterai pas ici l’intégralité de la discussion (veuillez vous référer à l’article en lien), mais le résultat important de mon interaction avec Thomas à ce moment-là a été qu’en tant que virologue végétal qui publie des articles dans des revues « scientifiques », il ne comprenait manifestement pas ce qu’est la méthode scientifique et comment l’intégrer. Même si Thomas était d’accord avec moi sur les étapes de la méthode scientifique, il ne parvenait pas à montrer comment les articles qu’il publiait s’y conformaient. Il n’a même pas pu identifier la variable indépendante, la variable dépendante et les contrôles appropriés lorsqu’il a tenté d’expliquer comment la virologie adhère à la méthode scientifique, et il a également été désorienté par l’hypothèse nulle et l’hypothèse alternative au cours de notre conversation.

Cette interaction avec Thomas a finalement pris fin lorsque je l’ai averti que les insultes répétées qu’il me lançait auraient pour conséquence que je le bloque. Je suis plus qu’heureux de continuer si les gens veulent avoir une discussion respectueuse et intellectuellement honnête. Cependant, je ne tolérerai pas les insultes et les tentatives répétées de s’engager dans des arguments logiquement fallacieux. Comme on pouvait s’y attendre, Thomas a continué à proférer des insultes après mon avertissement, et il a refusé de me répondre directement, spammant sans cesse son lien Space comme s’il s’agissait d’une réponse valable. Bien que j’aie été stupéfait par l’incompréhension totale dont j’avais été témoin de la part de quelqu’un qui se dit scientifique, et que je sois curieux de savoir ce que l’on pourrait découvrir de plus en continuant à l’interroger, j’ai été heureux de ne plus interagir avec Thomas, compte tenu de son comportement.

Néanmoins, j’admets que depuis lors, je me suis souvent demandé ce qui se serait passé si notre interaction s’était poursuivie. Thomas continuerait-il à faire preuve d’un raisonnement logique fallacieux et d’une incapacité totale à comprendre les concepts de base ? Continuerait-il à s’effilocher en posant des questions sur la méthode scientifique ? Continuerait-il à se cacher derrière son lien Spaces plutôt que de mener un débat écrit intellectuellement honnête ? Il est intéressant de noter que l’occasion s’est présentée lorsque j’ai été associé à une conversation sur une réponse que Thomas avait préparée pour le Dr Tom Cowan, exigeant qu’ils débattent sur son Espace. Manifestement, Thomas n’a pas renoncé à sa tactique de base.

Alors que j’aurais dû écouter mes propres conseils afin de m’épargner des maux de tête, j’ai finalement renoué le dialogue avec Thomas dans ce fil de discussion. Comme la dernière fois, notre interaction a donné lieu à des révélations très amusantes. Comme je pense qu’il y a toujours des enseignements importants à tirer de ces « débats », notamment en ce qui concerne la mentalité de ceux qui prétendent être des virologues pratiquant la méthode scientifique, je vous présente des extraits du deuxième round avec Thomas Baldwin, alias Sense Strand… et divers autres pseudonymes sur Twitter.

Cette dernière interaction avec Thomas a commencé lorsque j’ai exposé les preuves que j’accepterais pour un autre homme qui n’utilise pas un raisonnement sain.

Sous le commentaire de l’homme déraisonnable, j’ai remarqué une réponse cachée d’un compte que j’avais bloqué dans le passé. J’ai eu le sentiment qu’il s’agissait de Thomas, car il était mentionné dans la conversation, et ma curiosité quant à la nature du commentaire a pris le dessus. Je me suis connecté à un ancien compte alternatif que j’avais accidentellement créé lorsque j’étais bloqué sur Twitter dans le passé, afin de voir si mon hypothèse était correcte. Je voulais voir quel genre de commentaire « perspicace » avait été laissé à mon sujet. Mon intuition s’est avérée exacte et, fidèle à lui-même, Thomas avait laissé un commentaire qui tentait un sophisme génétique, c’est-à-dire qu’une chose est jugée bonne ou mauvaise sur la base de son origine ou de sa provenance. En l’occurrence, Thomas voulait utiliser mes antécédents en tant qu’entraîneur personnel pour tenter de me discréditer.

Malgré mon bon sens, j’ai répondu à Thomas, car je voulais savoir où il voulait en venir, même si je savais déjà qu’il s’agissait d’un raisonnement fallacieux. Dans son explication, Thomas s’est appuyé sur un sophisme de non-séquence [qui ne suit pas les prémisses], c’est-à-dire que l’énoncé ou la conclusion ne découle pas logiquement de ce qui l’a précédé. Il a tenté de comparer l’exercice de la chirurgie avec mon ancien emploi d’entraîneur personnel. Mon passé d’entraîneur personnel n’avait rien à voir avec la conversation, pas plus qu’avec la capacité à exiger des preuves scientifiques à l’appui d’une affirmation positive. Il a également confondu connaissance et compétence, ce qui a conduit Thomas à une conclusion erronée. Même en tant qu’entraîneur personnel, je pourrais posséder les connaissances nécessaires pour effectuer une opération chirurgicale, même si je n’ai pas été formé pour le faire. Cela ne signifie pas que je ne peux pas m’exprimer sur le sujet en raison de ma profession.

Comme il s’était immiscé dans ma conversation avec l’homme déraisonnable, j’ai mis Thomas au défi de fournir les preuves absolument nécessaires que j’avais demandées à son ami.

Comme on pouvait s’y attendre, Thomas s’est défilé en essayant de prétendre que j’avais ma propre définition de la méthode scientifique. Malheureusement pour lui, lors de notre conversation de mars 2023, Thomas avait déjà convenu avec moi de ce qu’est la méthode scientifique, et il était donc parfaitement conscient qu’il ne s’agissait pas de « ma définition ». Cependant, cela n’a pas empêché Thomas de la présenter régulièrement comme telle afin d’éviter d’avoir à fournir les preuves qui lui sont demandées.

Comme c’est souvent le cas lorsqu’ils ne peuvent pas produire d’argument logique, Thomas a alors fait appel à ses propres références et à son autorité, ce qui est une tactique logiquement fallacieuse qui consiste à rejeter un argument en déclarant que la personne qui l’a présenté n’a pas les références appropriées, ce qui implique que son argument doit être erroné ou sans importance. J’ai décidé de rappeler à Thomas que, bien qu’il dispose de son laboratoire, il a échoué lamentablement dans le passé en essayant de démontrer comment la virologie adhère à la méthode scientifique. Il a produit la mauvaise variable indépendante, la mauvaise variable dépendante et le mauvais contrôle.

Thomas a réitéré son plaidoyer en faveur de sa propre personne en affirmant que c’est « ma définition » de la méthode scientifique, ce qui a été démenti. Parfois, il faut leur rappeler sans cesse leurs erreurs avant qu’ils ne comprennent.

Comme il l’avait déjà fait par le passé, Thomas a admis qu’il était d’accord pour dire que les étapes que j’avais énumérées constituaient la méthode scientifique. Comme nous avions réussi à dissiper sa confusion, je lui ai à nouveau demandé de fournir les preuves nécessaires que l’on devrait trouver dans tout document de base affirmant l’existence d’un « virus » pathogène. Thomas a décidé d’utiliser la tactique de débat fallacieuse de l’éléphant en balançant dix-sept liens vers diverses études afin de faire croire qu’il avait une quantité écrasante de preuves scientifiques de son côté sans démontrer qu’aucune de ces preuves ne correspondait à ce qui lui avait été demandé.

Il est amusant de constater que le tout premier lien qu’il a fourni était en fait l’un des documents fondamentaux affirmant l’existence du « SRAS-COV-2 ». Ainsi, soit Thomas sait réellement ce qu’est une étude fondamentale, soit il a eu beaucoup de chance dans une partie de Eeny Meeny Miny Moe¹. Quoi qu’il en soit, l’étude de Zhu fournie par Thomas échoue, car elle ne contient aucune des preuves demandées. Non seulement les chercheurs n’ont pas purifié et isolé un nouveau « virus » directement à partir des fluides de l’hôte malade (ils ont cultivé leur « virus » en utilisant des cellules épithéliales des voies respiratoires humaines), mais les images du « virus » n’étaient pas des particules purifiées et isolées, comme l’a noté l’auteur Wenji Tan.

« Nous montrons une image de particules virales sédimentées, et non purifiées. » 

Wenjie Tan
https://off-guardian.org/2020/06/27/covid19-pcr-tests-are-scientifically-meaningless/

Les auteurs ont également admis qu’ils n’avaient pas satisfait aux postulats de Koch pour prouver qu’un microbe provoque une maladie, car ils n’ont pas essayé de prouver la pathogénicité :

« Bien que notre étude ne réponde pas aux postulats de Koch, nos analyses fournissent des preuves de l’implication du 2019-nCoV dans l’épidémie de Wuhan. Des preuves supplémentaires confirmant l’importance étiologique du 2019-nCoV dans l’épidémie de Wuhan comprennent l’identification d’un antigène du 2019-nCoV dans le tissu pulmonaire des patients par analyse immunohistochimique, la détection d’anticorps antiviraux IgM et IgG dans les échantillons de sérum d’un patient à deux moments donnés pour démontrer la séroconversion, et des expériences sur des animaux (singes) pour fournir des preuves de la pathogénicité. »

Soit Thomas a fait preuve de malhonnêteté intellectuelle et a essayé de faire passer le document de Zhu comme s’il contenait les preuves que je lui avais demandées, soit il n’a tout simplement pas compris ce que je lui avais demandé. Il est également possible que les deux soient vrais. Quoi qu’il en soit, après que j’ai souligné le fait que son article ne contenait pas les preuves demandées, Thomas a eu recours à sa réponse habituelle « Non, non », même si j’ai clairement expliqué pourquoi son article était défectueux. Il a ensuite présenté un autre document sans aborder aucune des lacunes que j’avais relevées dans sa première tentative.

Dans sa deuxième tentative, Thomas n’a pas fourni d’étude fondamentale, car l’article qu’il avait fourni a été publié en octobre 2020. Je lui ai fait remarquer que l’étude utilisait des cultures de cellules Vero pour leur « virus », échouant ainsi à la première partie de ma demande de fournir des preuves de particules « virales » purifiées et isolées obtenues directement à partir des fluides sans culture. L’étude n’a pas non plus tenté de démontrer la pathogénicité en respectant les étapes de la méthode scientifique. En d’autres termes, les chercheurs n’ont fait qu’imager le surnageant de culture cellulaire à l’aide de la cryo-EM et inventer des histoires sur les structures observées. Une fois de plus, ils n’ont pas réussi à fournir de preuves scientifiques directes de l’existence de « virus » pathogènes.

Après avoir montré à Thomas que son deuxième article ne remplissait pas les conditions requises, il a tenté de prétendre que je n’accepterais aucune preuve, en ignorant complètement les preuves que je lui avais spécifiquement indiquées et qui seraient acceptables. Il a ensuite tenté de s’engager dans le sophisme du renversement de la charge de la preuve, me mettant au défi de fournir un document contenant des preuves issues de la méthode scientifique au lieu de pouvoir le faire. J’ai accepté de fournir des exemples en dehors de la virologie une fois qu’il serait en mesure de présenter un article tiré de la littérature virologique qui adhérait à la méthode scientifique et prouvait l’existence de « virus » pathogènes.

D’une manière ou d’une autre, Thomas a estimé que je devais « prouver » la méthode scientifique, une série logique d’étapes dont nous avions déjà convenu qu’elles étaient nécessaires pour produire des preuves et des connaissances scientifiques. Gardez à l’esprit qu’il s’agit de la méthode qu’il a prétendu appliquer lors de notre conversation précédente afin de publier des articles, tout en déclarant étrangement que je ne pouvais pas trouver d’article publié dans lequel la méthode scientifique était appliquée. 🤔

Le fait que j’aie accepté de fournir des exemples de la méthode scientifique en pratique après qu’il l’ait fait avec des articles tirés de la littérature sur la virologie a été interprété par Thomas comme signifiant que je lui demandais de prouver l’existence de la méthode scientifique. Je n’ai rien demandé de tel. La méthode scientifique n’a pas besoin d’être prouvée. Ce que j’attendais de Thomas, c’était qu’il fournisse un exemple tiré de la littérature virologique qui adhérait à la méthode scientifique et contenait les preuves nécessaires pour prouver l’existence d’un « virus » pathogène. Je n’étais pas disposé à laisser Thomas se décharger de son fardeau.

Thomas a estimé qu’il devait partager mon tweet avec ses followers, affirmant une fois de plus, à tort, qu’il s’agissait de « ma définition » de la méthode scientifique. Il a déclaré que je devais prouver que la méthode n’était pas impossible. C’était assez étrange de la part de quelqu’un qui était d’accord avec moi sur « ma définition » de la méthode scientifique et qui prétendait l’appliquer pour publier des articles. Comme Thomas affirmait maintenant que la méthode scientifique était impossible alors que ses articles étaient censés y adhérer, j’ai voulu obtenir des éclaircissements sur ce qu’il entendait par là.

Il a prétendu que « ma définition » était un leurre. J’ai rappelé à Thomas que nous nous étions déjà mis d’accord, dans les deux conversations, sur les étapes de la méthode scientifique. D’une certaine manière, selon Thomas, c’était là l’appât. Il m’est apparu clairement que la seule raison pour laquelle Thomas considérait la méthode scientifique comme un appât est qu’il ne comprenait pas vraiment la méthode qu’il prétendait avoir appliquée dans les articles qu’il avait publiés.

En réponse à mon interpellation sur son manque de compréhension de la méthode scientifique, Thomas a fourni un autre article qui, selon lui, satisfait aux preuves demandées ainsi qu’aux étapes qu’il prétendait impossibles. Cet article a été publié en août 2020 et n’était pas l’un des documents fondamentaux utilisés pour affirmer l’existence d’un nouveau « virus ». Ce que Thomas a fourni, c’est une autre étude qui a utilisé des cellules Vero ainsi que des cellules Calu-3, une lignée cellulaire de carcinome pulmonaire humain, afin de créer leur « virus ». Les auteurs ont déclaré qu’ils « visaient à obtenir des images des virions SARS-CoV-2 à partir du surnageant des cellules infectées sans concentrer ou purifier davantage le virus » afin « d’éviter les artefacts associés à la concentration ou à la purification du virus ». En d’autres termes, les images créées dans le cadre de l’étude étaient celles d’un surnageant de culture cellulaire non purifié, qu’ils ont utilisé pour créer des modèles 3D de ce qu’ils prétendaient être des « virus ». Ils ont ensuite inventé des histoires sur ce que les structures qu’ils ont créées dans les images 3D font dans des processus qu’ils sont incapables d’observer en temps réel. Il n’y a eu aucune tentative de démontrer que les particules de culture cellulaire non purifiées étaient des « virus » pathogènes.

Sachant que ce dernier document était loin de contenir les preuves demandées et qu’il ne respectait pas les étapes de la méthode scientifique sur lesquelles nous nous étions mis d’accord, j’ai demandé à Thomas d’expliquer comment son document répondait à ce qui lui avait été demandé. En l’espace de cinq minutes environ, Thomas a fourni une image d’un document détaillé décrivant chacune des étapes de la méthode scientifique et la manière dont son article les « respectait », sans aucune mention d’expériences de contrôle. Cette réponse étonnamment rapide m’a paru très suspecte et j’ai immédiatement soupçonné Thomas d’avoir demandé l’aide d’un ami informaticien pour la rédiger, surtout quand on connaît la propension de Thomas à faire des erreurs grammaticales.

D’emblée, il était clair que, comme Thomas, l’IA avait fait de son mieux pour « faire semblant » en déclarant que le phénomène naturel que les chercheurs avaient « observé » était les protéines de pointe de la création cellulaire cultivée en laboratoire. Il ne s’agissait absolument pas d’un phénomène naturel, ce que j’ai immédiatement fait remarquer à Thomas.

Lorsque j’ai expliqué que les phénomènes naturels ne sont pas des créations artificielles, c’est-à-dire qu’ils ne sont pas fabriqués ou produits par l’homme, mais qu’il s’agit d’événements qui se produisent naturellement sans intervention humaine, Thomas m’a demandé de citer cette source. J’étais en fait assez surpris qu’une chose aussi simple que la définition d’un phénomène naturel ait laissé Thomas perplexe, mais je l’ai tout de même aidé en lui fournissant une source à l’appui de mes propos.

Ce que Thomas ne comprend pas, c’est que le but de la science est d’expliquer les phénomènes naturels observés, comme le résume le chapitre 2 ~ Science as a Way of Understanding the Natural World (La science comme moyen de comprendre le monde naturel) du livre Environmental Science (La science de l’environnement).

« Les objectifs généraux de la science sont de comprendre les phénomènes naturels et d’expliquer comment ils peuvent évoluer dans le temps. Pour atteindre ces objectifs, les scientifiques entreprennent des recherches basées sur des informations, des déductions et des conclusions élaborées par une application systématique de la logique, généralement de type inductif. À ce titre, les scientifiques observent attentivement les phénomènes naturels et mènent des expériences ».

À partir de ces observations, une hypothèse est proposée en tant qu’explication vérifiable d’une relation de cause à effet présumée entre l’effet observé et la cause présumée du phénomène naturel.

« La méthode scientifique commence par l’identification d’une question concernant la structure ou la fonction du monde naturel, qui est généralement développée à l’aide de la logique inductive (figure 2.1). La question est interprétée en fonction de la théorie existante et des hypothèses spécifiques sont formulées pour expliquer le caractère et les causes du phénomène naturel ».

« En revanche, une hypothèse est une proposition d’explication de la survenue d’un phénomène. Les scientifiques formulent des hypothèses sous forme d’énoncés et les testent ensuite par le biais d’expériences et d’autres formes de recherche. Les hypothèses sont élaborées à l’aide de la logique, de la déduction et d’arguments mathématiques afin d’expliquer les phénomènes observés. »

D’une manière ou d’une autre, Thomas a continué à se battre pour savoir ce qu’est un phénomène naturel et comment la manipulation humaine n’est pas impliquée dans ces phénomènes. Le fait même de prélever des cellules sur un être humain ou un animal, de les cultiver dans des conditions artificielles, de cultiver un « virus » inobservable par l’ajout de nombreux produits chimiques et matériaux étrangers, puis de manipuler l’échantillon par divers procédés de préparation d’images afin de créer des représentations et des modèles en trois dimensions pour « voir » la création artificielle ne reflète rien de ce qui est observé dans la nature et n’équivaut pas à un phénomène naturel observé. Son étude a donc échoué dès le départ.

Thomas a continué à se débattre avec le concept de ce qu’est un phénomène naturel observé, et a tenté de rationaliser sa mauvaise compréhension en donnant un exemple de forêt créée par l’homme, tout en évitant de répondre directement à ma question de savoir s’il était d’accord avec le fait que les cultures cellulaires sont créées par la manipulation humaine.

Voyant qu’il n’était pas près de voir s’allumer une ampoule dans sa tête concernant son incompréhension de ce qu’est un phénomène naturel, j’ai demandé à Thomas d’expliquer ce que sont sa variable indépendante (c’est-à-dire la cause présumée) et la variable dépendante (c’est-à-dire l’effet observé) à partir de son « phénomène naturel observé ». J’ai rappelé qu’il avait déjà utilisé le ChatBot pour répondre à sa place, dans l’espoir qu’il fasse une erreur ou qu’il avoue, et il n’a pas déçu. 😉

Même s’il était assez évident qu’il l’avait fait, j’ai été assez surpris de voir Thomas admettre qu’il avait utilisé l’IA pour répondre à sa place. Peut-être a-t-il simplement oublié de découper le logo ChatBot cette fois-ci ? Quoi qu’il en soit, l’IA s’est une fois de plus trompée, car la structure et la distribution d’une protéine de pointe artificielle n’est la cause d’aucun phénomène naturel. Les chercheurs n’ont « observé » aucun effet des « protéines spike » dans la nature, en particulier par le biais de leur structure, et ils n’ont pas la possibilité de faire varier et de manipuler leur variable indépendante. Les caractéristiques observées des protéines ne sont pas non plus un effet observé dans la nature. Tout ce qui s’est passé dans ce document était une création artificielle de la part des chercheurs. Afin d’illustrer la quantité d’interventions humaines impliquées dans ce soi-disant « phénomène naturel », voici quelques exemples démontrant les différentes étapes réalisées pour que les chercheurs puissent « voir » leur « phénomène naturel », le premier expliquant les étapes de culture des cellules utilisées :

Cellules et virus

« Les cellules Vero E6 ont été obtenues auprès de l’ATCC et ont été cultivées dans du Milieu Eagle modifié de Dulbecco (DMEM, Life Technologies) contenant 10 % de sérum bovin fœtal, 100 U ml-1 de pénicilline, 100 μg ml-1 de streptomycine et 1 % d’acides aminés non essentiels (milieu complet). La souche Germany/BavPat1/2020 de SARS-CoV-2 a été isolée par C. Drosten (Charité, Berlin, distribuée par les Archives européennes de virologie (Ref-SKU: 026V-03883)) au passage (P)2. Un stock de SARS-CoV-2 a été obtenu en faisant passer le virus une fois dans des cellules Vero E6 (P3). Pour produire des virions de SARS-CoV-2, des cellules Vero E6 cultivées dans des flacons de culture tissulaire à fond latéral de 75 cm2 ont été infectées par le SARS-CoV-2 (P3) à une multiplicité d’infection (MOI) de 0,5. Le milieu de culture des cellules infectées a été prélevé 48 h après l’infection, clarifié par centrifugation à 1 000 g pendant 10 min, nettoyé à travers un filtre en nitrocellulose de 0,45 μm et fixé avec du formaldéhyde à 4 % pendant 30 min à température ambiante. Le milieu de culture a été complété par 10 mM HEPES (pH 7,2) avant la fixation. Le milieu contenant le virus a ensuite été divisé en aliquotes et conservé à -80 °C. Les surnageants infectieux contenant des virions SARS-CoV-2 ont été obtenus à partir de cellules Calu-3 infectées par le virus P3 à une MOI de 5 pendant 48 h et traités comme décrit ci-dessus. »

Ce deuxième exemple concerne le processus de préparation de l’imagerie. Vous pouvez voir les différentes façons dont les chercheurs ont incorporé divers additifs aux échantillons précédemment fortement altérés, ainsi que l’utilisation de plusieurs programmes informatiques pour créer et interpréter les images générées :

Préparation de l’échantillon Cryo-ET

« Des échantillons de virus fixés provenant du surnageant de cellules infectées sans aucune étape de concentration (unconc) ou concentrés par granulation à travers un coussin de saccharose (conc) ont été préparés, imagés et traités en parallèle. La suspension virale a été mélangée avec de l’or colloïdal de 10 nm (dans une solution de PBS) dans un rapport 10:1. Ensuite, 3 μl de la solution ont été ajoutés à une grille de cuivre à décharge luminescente (C-Flat 2/2, Protochips). Les grilles ont été congelées en plongée dans l’éthane liquide par buvardage arrière à l’aide d’un cryopiston LeicaGP (Leica) et stockées dans l’azote liquide jusqu’à l’imagerie. »

« Pour générer un modèle initial de la protéine spike à partir de la surface virale, 68 spikes ont été sélectionnées manuellement à partir de quatre virions sur des tomogrammes qui ont été réduits par un fractionnement par 4 des voxels. Les angles d’Euler initiaux des 68 pointes (2 sur 3) ont été déterminés sur la base du vecteur entre deux points, l’un sur la tête de la pointe et l’autre sur la membrane où la pointe s’ancre, respectivement. Les 68 pointes ont été alignées les unes sur les autres de manière itérative pendant quatre itérations, en appliquant une symétrie triple pour générer un modèle à basse résolution qui ressemble à une conformation de préfusion de la pointe. Ce modèle a été utilisé comme référence d’alignement pour tous les virions (ci-dessous). Toutes les spikes postfusion ont été identifiées et choisis manuellement, et les angles d’Euler initiaux ont été assignés de la même manière. »

Le dernier exemple montre comment les images ont été traitées pour créer une structure « consensuelle » :

Traitement des images cryo-EM

« La fonctionnalité de planification de RELION-3.1 a été utilisée pour un traitement en temps réel entièrement automatisé pendant la collecte des données 9,46. Les films ont été corrigés du mouvement et pondérés en fonction de la dose à l’aide de l’implémentation RELION de l’algorithme MotionCor247. Par la suite, des sommes non pondérées en fonction de la dose ont été utilisées pour estimer le CTF dans CTFFIND-4.1.1348. Les trimères S qui s’étendaient sur les côtés des particules virales ont été sélectionnées manuellement (4 493 particules des 100 premières micrographies), puis utilisées comme ensemble d’entraînement pour l’optimisation du réseau neuronal convolutionnel dans le logiciel de sélection automatisée des particules Topaz49. Les particules extraites ont été soumises à une classification 3D en utilisant une structure précédemment déterminée du trimère S9, filtrée en passe-bas à 30 Å, comme référence 3D initiale. Les 286 407 particules sélectionnées qui ont contribué aux classes 3D correspondant aux trimères S ont été soumises à un polissage bayésien pour corriger les mouvements induits par le faisceau de chaque particule et à une deuxième série de classification 3D pour sélectionner les 55 159 particules qui ont contribué à la meilleure classe. Cet ensemble final de particules a été soumis à un affinage CTF de la défocalisation par particule, de l’astigmatisme par micrographe et de l’inclinaison du faisceau, suivi d’un deuxième cycle de polissage bayésien. Des auto-raffinements 3D ont été effectués avec les particules sélectionnées après chaque cycle de classification 3D, d’affinement CTF ou de polissage bayésien. La structure consensuelle avait une résolution de 3,4 Å. »

La section du document consacrée aux méthodes contient bien d’autres éléments qui montrent à quel point les images produites sont éloignées de la nature. Il est risible de prétendre que ce qui est « observé » dans cette étude est naturel ou reflète ce qui se passe dans la nature. J’ai fourni à Thomas un bref résumé des problèmes qu’il n’a pas abordés, bien qu’il m’ait proposé de poser à nouveau la question à ChatBot si je le souhaitais.

Bien entendu, je me devais de souligner à quel point il était hilarant que Thomas ait recours à un ChatBot pour ses réponses plutôt que d’essayer d’expliquer lui-même en quoi son article adhérait à la méthode scientifique. Le fait qu’il ne puisse pas comprendre ce qu’est un phénomène naturel et qu’il ait besoin d’une IA pour répondre incorrectement à sa place était plutôt comique et ironique, étant donné qu’il a commencé sa carrière grâce à son amour de la nature. Malheureusement, Thomas avait encore du mal à comprendre que ce que l’IA rapportait n’était pas un phénomène naturel observé sans intervention humaine. Thomas est alors revenu à son exemple de forêt qui, pour une raison étrange, lui semblait être une brillante réfutation.

D’une certaine manière, il pensait qu’une forêt plantée par l’homme reflétait un phénomène naturel observé qu’il convenait d’étudier et d’expliquer. Cependant, la cause de l’existence de la forêt est déjà connue puisqu’elle a été créée par l’homme. Il n’est pas nécessaire d’expliquer ce qui a causé la forêt. Néanmoins, Thomas a continué à essayer de prétendre que la confirmation structurelle est une cause d’un effet observable dans la nature. J’ai expliqué que la création d’images à partir de soupes de cultures cellulaires non purifiées et l’invention d’histoires sur les structures générées par ordinateur n’ont rien à voir avec les sciences naturelles. Il s’agit d’une fiction pseudo-scientifique.

Malheureusement, notre conversation n’a pas duré longtemps. Comme j’avais déjà bloqué Burki, l’ami de Thomas, j’ai été prévenu que si je ne le débloquais pas, la conversation prendrait fin. Je n’avais pas envie de converser avec des personnes que j’avais déjà bloquées sur mon compte principal, d’autant plus que je voulais que la discussion reste entre Thomas et moi. J’avais déjà perdu suffisamment de temps à répondre à Burki pendant que Thomas restait sur la touche. Comme je ne voulais pas débloquer Burki, Thomas a décidé de me bloquer et de mettre fin à la conversation en guise de représailles. Pour moi, c’était un signe évident qu’il cherchait un moyen facile de sortir d’une conversation qui, selon lui, n’allait pas dans son sens. Cependant, je dois reconnaître à Thomas qu’il a pris la sage décision de couper court à la conversation. Plus notre discussion se prolongeait, plus la situation lui paraissait grave. Il m’est apparu clairement, sur la base de nos interactions, que Thomas n’aime pas converser sans avoir la possibilité de s’appuyer sur d’autres personnes pour intervenir en son nom, qu’elles soient humaines ou qu’il s’agisse d’une IA. Seul, Thomas s’effondre.

Lors de ma précédente conversation avec Thomas, je savais déjà qu’il avait du mal non seulement à comprendre la méthode scientifique, mais aussi à montrer comment la virologie s’y conformait. Cela n’a pas changé. Il continue également à recourir à des sophismes logiques, à des défis pour rejoindre son Espace et à faire appel à d’autres personnes, y compris IA, pour argumenter en sa faveur. Cette conversation m’a montré que Thomas n’a fait aucun progrès au cours de l’année qui s’est écoulée depuis notre première rencontre. S’il est devenu évident que rien n’a changé, j’ai mieux compris à quel point Thomas est loin de comprendre les sciences naturelles et la méthode scientifique. Pour un homme qui a développé une passion profonde pour la nature et l’environnement durant son enfance, il est tout à fait choquant qu’il ne puisse pas comprendre ce qu’est un phénomène naturel. S’il n’est pas capable de saisir ce concept de base, Thomas ne pourra pas vraiment comprendre ce que sont les sciences naturelles. Il ne sera pas en mesure de comprendre pleinement la méthode scientifique. Il croira toujours que créer artificiellement des substances fortement modifiées en laboratoire et rédiger des récits fictifs pour expliquer les images générées par ordinateur est un moyen de comprendre ce qui se passe réellement dans le monde naturel. Malheureusement, la réalité effrayante est que Thomas est l’incarnation de nombreux membres de la communauté scientifique qui ne comprennent pas l’objectif de la science ni la méthode utilisée pour acquérir des connaissances scientifiques. Tant qu’il n’aura pas acquis un peu de bon sens, Thomas sera toujours perdu, tournant en rond autour d’une méthode qu’il approuve dans un premier temps, puis qu’il déclare impossible dans un second. S’ils ne reviennent pas à la nature pour la comprendre, le virologue végétal Thomas Baldwin et ceux qu’il représente resteront toujours des brins insensés flottant dans le vent.

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